镇江市疾病预防控制中心是于2001年12月在原市防疫站、血防所、皮防所和健康教育所基础上组建起来的全民公益一类事业单位，承担着全市疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置等七大基本职能和市卫生健康部门赋予的全市卫生信息化建设、健康镇江项目、基本公共卫生服务项目等相关业务指导职能，还兼顾皮肤病性病防治、美沙酮药物维持治疗门诊服务、镇江经开区疾病预防控制工作。中心先后被授予全国抗击新冠肺炎疫情先进集体、全国卫生系统先进集体、省级文明单位、省疾控工作先进集体、镇江市跨越发展有功单位等荣誉称号。
中心下设18个科室，其中业务科室11个，行政科室6个，派出机构1个（经开区分中心）。中心总体建筑面积2.18万平方米（含各分支科室），其中实验室面积5050平方米，建有各类国家和省级专业实验室18个，其中PⅡ级生物安全实验室7个，万元以上仪器设备近400台，10万元以上仪器设备110余台。中心于1991年取得省级计量认证资质，2005年取得国家实验室认可资格。具备江苏省职业病诊断和职业卫生服务资质，实际检测能力超过600项，是全市检测项目最多、检验能力最强的卫生检测实验室。